Balakən arxeoloji ekspedisiyasının rəhbəri Mikayıl Mustafayevin rəhbərliyi ilə rayon ərazisindəki abidələrdə tədqiqatlar aparılıb. Bu barədə məlumat verən AMEA-nın Arxeologiya və Etnoqrafiya İnstitutunun şöbə müdiri, tarix elmləri doktoru, professor Arif Məmmədovun bildirdiyinə görə, Pəri qalasının yerləşdiyi ərazidə ilk yaşayış 2000-2500 il əvvəl mövcud olub. Qala xəzərlərin, sasanilərin və ərəblərin işğalçılıq müharibələri apardıqları dövrdə - eramızın IV-V əsrlərində inşa edilib. Tədqiqat zamanı məlum olub ki, XIX əsrə qədər yerli əhali qaladan sığınacaq və müdafiə obyekti kimi yararlanıb.
Tədqiqatlar zamanı Arı dərəsi ərazisində XIII-XIV əsrlərə aid alban məbədi aşkar olunub. Alimin sözlərinə görə, bəzi mənbələrdə 705-ci ildə Alban dövlətinin süqutundan sonra Azərbaycanda alban məbədlərinin tikilmədiyi söylənilsə də, Balakəndəki tədqiqatlar bunun əksini sübut edir. XII əsrdə alban katolikosluğunun mərkəzi Yuxarı Qarabağdakı Gəncəsər (Qanzasar) monastrından Gəncə yaxınlığındakı Mahsara məbədinə köçürüldükdən sonra Qafqaz Albaniyasının dağlıq ərazilərində, o cümlədən Zaqatala-Balakən ərazisində alban məbədlərinin inşası davam etdirilib. Yalnız 1836-cı ildə Peterburq Sinodunun qərarı ilə alban kilsəsinin fəaliyyətinə xitam verildikdən sonra məbədlərin tikintisi də dayandırılıb.