AMEA-nın Tarix İnstitutunda Azərbaycan xalqına qarşı soyqırımları tarixi, Azərbaycanın sovet dövrü tarixi, Azərbaycan Respublikasının tarixi, mənbəşünaslıq və tarixşünaslıq, Azərbaycanın sənətkarlıq tarixi, Azərbaycan mədəniyyəti tarixi, beynəlxalq münasibətlər tarixi, Azərbaycan-Rusiya əlaqələri tarixi şöbələri və Azərbaycan Atropatena tarixi, Azərbaycanın erkən orta əsrlər tarixi (III-XI əsrlər), Azərbaycanın XII-XVIII əsrin 30-cu illəri tarixi, beynəlxalq münasibətlər tarixi, Azərbaycanın xarici siyasəti tarixi, Amerika ölkələrinin tarixi, Avropa ölkələrinin tarixi bölmələri yaradılıb.
İnstitutun direktoru, Milli Məclisin deputatı, AMEA-nın müxbir üzvü Yaqub Mahmudov bildirib ki, Azərbaycanın dövlətçilik tarixi, xüsusən müstəqillik dövrünün araşdırılması ilə bağlı tədqiqatlar daha da genişləndiriləcək. Direktor gələn il yeni üçcildlik “Azərbaycan tarixi” kitabının nəşrinə başlanacağını da diqqətə çatdırıb.